Massenspektrometrie
Kurz gesagt Die Massenspektrometrie bestimmt die Masse eines Moleküls. Im Analysenzertifikat belegt sie die Identität: Stimmt die gemessene Masse mit der aus der Sequenz berechneten überein, liegt die erwartete Substanz vor.
Die Probe wird ionisiert und im elektrischen Feld nach dem Verhältnis von Masse zu Ladung getrennt. Für Peptide ist die Elektrospray-Ionisation üblich, weil sie grosse Moleküle unzerstört in die Gasphase bringt.
Das Verfahren beantwortet eine andere Frage als die HPLC. Die Chromatographie sagt, wie sauber eine Probe ist; die Massenspektrometrie sagt, ob es die erwartete Substanz ist.
Besonders nützlich ist sie bei zwei Fehlerbildern aus der Synthese. Fehlt der Kette ein Glied, ist das Molekül um die Masse genau dieser Aminosäure leichter. Blieb eine Schutzgruppe hängen, ist es entsprechend schwerer. Beides fällt im Spektrum auf, auch wenn die Chromatographie die Abweichung nicht sauber abtrennt.
Erst beide Verfahren zusammen ergeben eine belastbare Aussage. Ein Bericht, der nur einen Reinheitswert nennt, lässt die Identitätsfrage offen; worauf sonst noch zu achten ist, führt der Beitrag Ein Analysenzertifikat lesen auf.